泛基因组（Pangenome）是针对不同类群、亚种或个体材料进行测序和组装，构建泛基因组图谱，以期获得该物种完整的遗传信息，为物种遗传基础的研究奠定基础的研究方法。
泛基因组因为具有更多更全面的基因组数据，相比单个参考基因组具有更多的基因，其中可能含有参考基因组中不存在的基因，由此可对这些基因进行鉴定分析，丰富了物种的遗传信息。因此泛基因组可以进行诸如新基因鉴定、变异分析、进化 分析等，从而对物种进行广而深入的进化研究，如结合生物地理学分析物种的起源、传播、演化、驯化、改良。
基于参考序列和变异序列之间的关系，以节点代表序列信息，边代表不同序列之间的联系，以图的形式来存储泛基因组，可以有效地将参考基因组和遗传变异联系起来。
也可称为泛基因组基因家族分析，是针对某个群体的某个基因家族或多个基因家族进行分析，不再局限于单个基因组。分析内容包括：基因家族鉴定、PAV（基因存在/缺失）分析、选择压力分析、结构变异分析等。
对群体中的所有个体进行测序、组装、注释，由此构建出的泛基因组以及相关分析，即为超级泛基因组。
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