泛转录组是使用参考转录组群体为转录组分析提供信息，如表达变异、表达分布和丰度等。由于传统转录组分析所使用的单个参考基因组不足以系统地探索种群水平上关键性状的遗传差异，如许多与特殊代谢物和生物学途径密切相关的亚种和变种基因，而泛转录组则可以构建尽可能完整的转录组图谱，为分析群体水平的表达特征提供更多更完整的信息。
泛转录组可用于鉴定传统基因组测序方法可能无法检测到的新基因，还可根据环境或生理条件的变化发现基因表达的变化，如研究单倍型特异性差异表达，还可用于识别不同生物种群内部和之间的遗传变异，为不同物种的进化和适应提供新的见解。
泛转录组通常会使用基因组变异数据和转录本注释信息构建一个就泛基因组图谱，而后将RNA reads比对到图谱上，最后根据比对数据对单倍型特异性表达进行定量，从而对群体变异进行分析。
基于泛基因组的泛转录组分析，主要区别是以泛基因组为参考进行转录本的组装。
基于组装的泛转录组分析，主要区别是从头组装转录本，而后进行后续分析。
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