转录组广义上是指对组织或细胞在某一时期的所有转录产物进行测序分析，包括mRNA、rRNA、tRNA以及非编码RNA（non-coding RNA，ncRNA等），也即全转录组测序。为了获取全部RNA，转录组测序利用同一样品，构建多种文库（包括Small RNA文库、消化rRNA的链特异性文库、消化线性RNA分子的circle RNA文库等），同时鉴定和分析mRNA以及非编码RNA（miRNA，lncRNA、circRNA等）的表达及调控特征。此外，通过转录组测序还可以研究RNA间潜在的互作关系，例如内源竞争性RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），即mRNA或ncRNA上存在可被miRNA结合的区域（MREs），包含同源MREs的RNA分子可竞争性的结合miRNA，从而参与调控功能基因的表达。因此，转录组测序可以高通量地探究基因调控网络及其分子机制。

狭义上的转录组则是指所有mRNA的集合，通常用来构建基因调控网络（gene regulatory network; GRN），鉴定与某些特定性状显著相关的候选基因等。

应用方向

组织特异性表达、共表达、模块保守型、差异共表达、发育、肠道微生物-宿主互作、疾病发展机制、基因功能预测。