宏基因组（Metagenome，也称微生物环境基因组或元基因组）以特定环境样本中整个微生物群落作为研究对象，不依赖传统的分离培养技术，直接提取得到所有微生物基因组DNA。

宏基因组学（或元基因组学，Metagenomics）是一种基于宏基因组的综合研究方法。通过对环境样品中微生物群体基因组进行功能基因筛选和/或高通量测序分析，旨在研究微生物的多样性、种群结构、进化关系、功能活性、群落内及群落与环境间的相互作用。该技术克服了对环境微生物进行分离培养的限制，为深入研究不可培养微生物提供了有效途径。能更真实地反映样本中微生物的实际组成与互作关系，同时可在分子水平上解析其代谢途径和基因功能。

实验流程

首先提取样品的总DNA，通过电泳实验确定DNA完整性，使用Qubit 或Nanodrop对DNA纯度及浓度进行检测。质检合格的样品进行DNA片段化、末端修复及接头连接，然后进行PCR扩增并对扩增产物进行纯化、定量和均一化，最终形成测序文库。文库构建完成后对文库的浓度和片段大小进行检测，确保文库质量满足标准。质量合格的文库按照有效浓度以及目标下机数据量通过MGI平台进行测序。

信息分析流程

首先对下机原始测序数据（Raw data）进行质量控制并去除宿主序列得到Clean data。通过FastQC对Clean data再次进行质量评估。然后对Clean data进行组装，基因预测和定量，对得到的基因进行物种和功能注释以及分类，包括NR，EggNOG，KEGG等。在上述分析的基础上，进行相关性，群落多样性，差异比较等一系列统计学分析和可视化。