全长转录组测序（full-length transcriptome sequencing）是一种无需打断，基于三代测序平台直接获取转录本的5ˊ到3ˊ高质量全长序列的一种测序方法。该方法便于检测异构体，融合转录本和lncRNA，优势在于不用组装获得全长转录组，弥补了二代测序数据因为读长短，在转录本的可变剪切，融合转录本和lncRNA方面研究受限，准确度低的缺陷。

目前全长转录组测序主要的平台为Pacific BioSciences（PacBio）和Oxford Nanopore Technologies（ONT）。基于PacBio 的RNA测序技术为Single-molecule realtime （SMRT）isoform sequencing，简称Iso-Seq。基于ONT的测序技术包括cDNA-seq和direct RNA-seq。其中direct RNA-seq是直接RNA测序，相较于cDNA-seq保留了碱基修饰的信息并且避免了扩增偏好性。此外，ONT也有衍生的技术来提高读段的准确性，比如R2C2方法（Rolling Circle to Concatemeric Consensus protocol）。基于ONT测序，除了可准确鉴别转录本结构变异，还可准确定量转录本（mRNA或polyA+lncRNA）表达水平，以及在单细胞水平上的定量。