重测序群体基因组分析是利用高通量测序技术对种群中多个个体的基因组进行测序，通过与参考基因组比对或聚类分析的方法得到大量变异信息，通过系统进化树、主成分分析和群体结构分析等多种分析方法相互验证，准确地对各亚群的亲缘关系及分化情况进行分析，为研究群体的进化历史提供科学依据。从而讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。。

主要应用方向

• 群体遗传结构研究：根据SNP的系统发育分析，对群体结构进行划分，进而选择处于进化过程中重要的物种。

• 人工驯化机制研究：通过对野生型和驯化型群体进行研究，推测群体的亲缘关系，发现人工驯化下受选择的基因，对动植物育种起到重要的指导作用。

• 自然选择机制研究：对不同地理环境下的群体进行研究，挖掘适应性进化过程中受选择的基因，为育种提供优质的基因资源。

• 种群历史研究：分析物种的可能起源地及各个分布区域中群体的基因变异信息，探索物种的进化过程。基因的交流情况，群体的有效大小，分化时间。