景观基因组学依靠基因型-环境互作关系（Genotype-environment associations， GEAs），通过整合遗传变异和生物的空间分布模型，可从基因组水平研究物种的适应性遗传变异与景观特征之间的相互作用，并可与驱动物种自然选择的重要环境因子进行关联，解析环境因子在塑造物种遗传分布格局中的作用。

主要应用方向：

• 生态适应研究：通过分析物种在不同环境条件下的遗传变异，研究物种如何适应气候变化、地理隔离和其他生态过程。

• 保护生物学：景观基因组学可以为保护决策提供信息，帮助识别关键的生物多样性区域和优先保护物种。

• 进化生物学：研究物种在地理分布上的遗传分化，以及这些分化如何与历史事件和环境梯度相关联。

• 种群遗传学：景观基因组学可以提供更深入的视角来理解种群结构、基因流和种群历史动态。

• 农业和林业：在作物和林木的遗传改良中，景观基因组学有助于识别适应特定环境条件的遗传资源。