泛转录组是使用参考转录组群体为转录组分析提供信息，如表达变异、表达分布和丰度等。由于传统转录组分析所使用的单个参考基因组不足以系统地探索种群水平上关键性状的遗传差异，如许多与特殊代谢物和生物学途径密切相关的亚种和变种基因，而泛转录组则可以构建尽可能完整的转录组图谱，为分析群体水平的表达特征提供更多更完整的信息。

泛转录组可用于鉴定传统基因组测序方法可能无法检测到的新基因，还可根据环境或生理条件的变化发现基因表达的变化，如研究单倍型特异性差异表达，还可用于识别不同生物种群内部和之间的遗传变异，为不同物种的进化和适应提供新的见解。

泛转录组通常会使用基因组变异数据和转录本注释信息构建一个就泛基因组图谱，而后将RNA reads比对到图谱上，最后根据比对数据对单倍型特异性表达进行定量，从而对群体变异进行分析。

主要应用方向：

• 解析环境适应性与驯化选择机制：比较不同生态型或栽培品种的泛转录组，揭示物种如何通过转录调控（如特定的可变剪接事件或基因表达模式）来适应不同环境（如低温、干旱）。

• 精准挖掘育种基因资源：系统鉴定与重要农艺性状（如产量、品质、抗逆性）相关的关键基因和等位基因变异。为分子标记辅助育种和基因编辑育种提供候选基因靶点。

• 深入理解基因功能与调控网络：通过共表达网络分析，可以将未知功能的基因与已知功能的基因关联，推测其生物学角色。同时，通过分析转录因子结合位点（TFBS）的变异与基因表达变异的关系，深入理解基因表达的调控机制，以揭示基因的功能分化以及构建更完整的基因调控网络。